為了實現防水功能，防水電連接器須保證對接界面和各分界面都能實現密封功能。

防水電連接器的結構分為兩部分：插頭和插座。通常情況下，使用時，插座安裝在儀器設備上，由安裝法蘭固定。插頭結構為電纜形式，可與插座對接，實現傳輸功能。對接端有一個長方形橡膠圈，兩端安裝有螺紋孔，末端用環氧樹脂灌封密封。

安裝時，使用兩個安裝螺釘，使用板后安裝方法。插座固定在安裝板上。插座上的矩形密封圈在安裝螺釘的緊固下壓縮，起到密封和防水的作用。防水電連接器的另一端用防水線夾固定連接器插頭。插頭安裝在防水線夾中。線夾兩端的安裝螺釘穿過連接器插頭，防水線夾對接端設有大密封圈。

當插頭與插座連接時，線夾兩端的安裝螺釘與面板上六角形安裝螺釘的內螺釘連接，在安裝螺釘的作用下實現連接器插頭與插座的插入；同時，安裝面板壓縮防水線夾對接端的矩形密封圈，實現連接器對接界面的密封防水功能。